Susikannan arvioinnissa DNA tärkeässä roolissa

Teksti: Eija Vallinheimo  Valokuvat: Antti Härkälä  22.10.2020
Näytekeräykseen tarvittavia välineitä. Kuva: Iina Ala-Kurikka (SusiLIFE)
Näytekeräykseen tarvittavia välineitä. Kuva: Iina Ala-Kurikka (SusiLIFE)
Suden DNA-näyte paljastaa, mihin laumaan susi kuuluu ja, missä se on liikkunut. Niinpä näytteiden avulla pyritään saamaan selville, millainen susikanta maassamme liikkuu. Jahtimedia kysyi Luken erikoistutkija Katja Holmalalta 8 kysymystä suden DNA-näytteiden keruuseen liittyen.

Ketkä DNA-näytteitä keräävät ja mistä

– Ulosteista tehtävä DNA-analyysi aloitettiin vuonna 2015 Luken toimesta. Sitä ennen näytteitä kerättiin  Turun yliopiston tutkimusprojektissa. Näytteet tuli tuolloin pääosin läntisestä Suomesta. Pääroolissa olivat vapaaehtoiset.

– Vuodesta 2017 alkaen myös Luken oma henkilökunta lähti tekemään laajemmin näytekeräystä ja maantieteellinen alue laajeni Itä-Suomeen. Käytännössä noin vajaa puolet näytteistä on ollut vapaaehtoisverkoston keräämiä ja loput Luken oman henkilökunnan. Suunnitteilla on yhteistyökuvio, jossa jatkossa koko Suomen alueella tehtäisiin keräystä yhdessä vapaaehtoisten kanssa. Tarkasti kuvio ei ole vielä selvillä.  

 

Kuinka paljon vuodessa näytteitä saadaan?

– Näytteitä saadaan vuodessa satoja, mutta vuosien välillä on jonkin verran vaihtelua. Esimerkiksi kauden 2018-19 keräyksessä saatiin kerättyä noin 600 näytettä. Uusimmassa keräyksessä oli mukana 800 näytettä. Aiemmin testattiin myös virtsan keräämistä, mutta näytteenä se ei toiminut riittävän hyvin keräyksen näkökulmasta.

– Ulostenäytteiden lisäksi kaikista susista, joista on mahdollista saada kudosnäyte, sellainen otetaan, ja näyte lähetetään automaattisesti DNA-määritykseen. Näin tapahtuu, jos esimerkiksi jostakin löydetään kuollut susi. Samoin jos tehdään susien pannoituksia, niiden yhteydessä sudesta otetaan sylkinäyte.

– Myös jos maastosta löytyy veri, karva- tai nahkanäyte, näytteen DNA testataan. Kaikki nämä ovat mukana kanta-arvion aineistossa.

 

Mitä näytteille tapahtuu keruun jälkeen?

– Keräysverkostoon kuuluva yhteyshenkilö ottaa kaikki näytteet talteen sovitulta reviirialueelta. Kun kasassa on sopiva erä, hän lähettää näytteet eteenpäin Turun yliopiston sovelluskeskukseen. Näin varmistetaan kylmäketjun katkeamattomuus. Turun yliopiston Evoluutiobiologian sovelluskeskus on palveluyksikkö, joka tarjoaa näytteen analyysipalvelut Lukelle.

– Kun näyte saapuu sovelluskeskukseen, näyte kirjataan sisään ja näytteestä lähdetään eristämään DNA.  Jokainen näytteen lähettäjä voi seurata oman näytteensä etenemistä ja lopulta tuloksia. Kun DNA saadaan eristettyä, siitä tehdään mikrosatelliittianalyysi, jonka avulla saadaan selville suden geneettinen profiili. Tällä hetkellä jo useista sadoista joskus eläneistä susista on olemassa profiili.

– Uutta näytettä verrataan näihin olemassa oleviin profiileihin, jotta nähdään, onko kyse ennestään tunnetusta yksilöstä tai onko näyte hyvin samankaltainen kuin jo tunnetut profiilit, jolloin kyseessä voisi olla lähisukulainen. Profiilin perusteella analysoidaan myös, onko kyse sudesta, koirasta tai koirasudesta.

– Jos näytteestä ei saman tien saada dna-profiilia, testataan ettei kyse ole toisen koiraeläminen eli ketun tai supikoiran ulosteesta.

 

Eroaako suomalainen susi DNA:ltaan muista?

– Suomalainen susi eroaa DNA:ltaan  Pohjoismaisista tai Venäläisistä susista mutta koska on kyse samasta lajista, siinä on myös yhteistä perinnöllistä ainesta. Suomalaisten susien DNA-profiili on erilainen kuin norjalaisen tai ruotsalaisen susi, sillä Skandinaviaan tai sieltä meille vaeltaa susia harvoin eli yhteys on huonompi ja skandinaaviset sudet ovat selkeästi jo eriytyneet DNA:ltaan omanlaiseksi ryhmäksi.

– Suomalainen susi on kuitenkin geneettisesti hyvin samankaltainen kuin venäläinen susi, sillä suomalaiset sudet ovat vaeltavien susien kautta paremmin yhteydessä Venäjän susipopulaatioon. Samanlaisuudesta huolimatta DNA:n pohjalta alkuperämaa voidaan kuitenkin tunnistaa.

 

Voidaanko susihybridit tunnistaa ja miten tarkasti?

– Suomessa elää sitkeästi virheellinen myytti siitä, että mikrosatelliittianalyysilla ei tunnistettaisi koirasusihybridejä. Nämä kuitenkin erottuvat jo nykyisin käytössä olevassa mikrosatelliitteihin perustuvassa analyysissa erilleen.

– Mikrosatelliiteilla ei kuitenkaan pystytä täsmälleen sanomaan miten kaukaisessa menneisyydessä risteytyminen on tapahtunut, jos kyse ei ole ensimmäisen polven (eli suden ja koiran) tai toisen polven risteymästä (esim. edellinen tuore risteymä risteytyisi uudestaan suden tai koiran kanssa). Toki jos koirasudet ovat hyvin kaukaisia risteymiä, eli niiden esivanhemmat ovat joskus risteytyneitä,uudella SNP-tekniikalla tällainen erottelu pystytään tekemään erillisenä analyysina.

– Risteymien osalta on tärkeä tietää se, onko kyse luonnonvaraisesta risteymästä vai laittomasta tarhatusta risteymästä eli koirasudesta, joka pitää hävittää. Laittomien risteymien selvittämiseen viranomaiset tarvitsevat välillä tarkempaa tietoa. Hybridit saadaan siis selville, joten kannanarvioinnin osalta kumpikin tekniikka on toimiva.

 

Lukelle on tulossa uusi DNA-testauslaite, milloin?
 

– Kyllä.  Ministeriö on antanut uuteen laitteeseen rahoituksen ja hankintaa ollaan parhaillaan tekemässä. Tämä analyysitapa eroaa mikrosatelliiteista siinä, että se hyödyntää lyhyitä snippejä tai pätkiä genomista. Laite ei analysoi mikrosatelliitteja vaan tiettyjä kohtia geeneistä. Laitteita voisi verrata niin, että vanha menetelmä on ikään kuin karkea siivilä, jonka kautta ainesta siivilöidään.

– Snip-teknologian siivilä on hienosihtisempi, jolloin haaviin jää yksityiskohtaisempaa tietoa. Uudempi teknologia antaa siis hienosyisempää tietoa susien genetiikasta, perinnöllisyydestä ja monimuotoisuudesta.

– Projektisuunnitelman mukaan laite olisi käytössä kahden vuoden päästä ja silloin siirrytään pääosin snip-teknologian varaan. Tiettyjä kysymyksiä voidaan edelleen tutkia mikrosatelliittitekniikalla ja tietoja voidaan tarvittaessa yhdistellä.

 

Mitä etuja uudella laitteella on?

– Uusi teknologia on uusi työkalu susiyksilöiden tunnistamiseen. Voisi verrata, että siirrytään vasaran käytöstä naulapyssyyn. Naulapyssy on ennen kaikkia nopeampi. Nopeus auttaa siinä, että voimme julkaista näytteen tulokset nopeammin. Näin kerääjät saavat nopeammin tietoa siitä, löytyykö ulosteesta DNA:ta ja mitä tietoa siitä löytyy.

– Sen etuna on myös se, että hankinnan jälkeen voimme itse käsitellä näytteitä. Yhden näytteen analysoinnin hinta on myös edullisempi. Mikrosatelliittianalyysin hinta on ollut noin 100 e/näyte, kun taas uusi snip-analyysi on kolmasosan edullisempi. Vielä vuonna 2015 voitiin näytteitä kerätä maksimissaan 10 reviiriltä, koska enempää rahaa ei ollut näytteiden analysointiin.

– Nyt SusiLife-hankkeen saama rahoitus mahdollistaa näytteenkeräyksen laajentamisen koko maahan ja muutaman vuoden päästä yhden näytteen tekeminen on edullisempaa. Tämä on hyvä yhtälö susien kanta-arvion kannalta.

Info
Mitä hyötyä DNA-tuloksista on?

Vuosittain julkaistava susien kanta-arvion pohjautuu muun muassa Tassu-järjestelmän havaintoihin ja DNA-näytteisiin. DNA-näytteiden käyttöön sisältyy paljon hyötyjä, joita ei esimerkiksi pelkällä lumijälkilaskennalla ole mahdollista saavuttaa.

Geneettisten näytteiden avulla sudet voidaan yksilöidä, jolloin tiedetään tarkasti susien vähimmäismäärä sekä saadaan tietoa susien ajallisista ja alueellisista liikkeistä, sukupuolesta ja sukulaisuussuhteista.

DNA-menetelmän käyttö on erityisen hyödyllinen suden kaltaisen paljon liikkuvan ja vaikeasti tavoitettavan lajin kohdalla. DNA-menetelmä tuo susikannan koon arviointiin arvokasta lisätietoa, sillä samaa sutta ei pysty laskemaan kahdesti. Kun samalta alueelta saaduista näytteistä tunnistetaan toistuvasti samoja yksilöitä, voidaan susien määrästä tehdä tarkempia arvioita ja piirtää eri reviirien rajoja.

 


DNA-keräys laajenee - tule mukaan näytekerääjäksi

SusiLIFE-uutinen aiheesta